При регистрации в ЧР теряется ли северный стаж и надбавки для ИП и его сотрудников

Нет, надбавки и стаж положены работникам, осуществляющие деятельность на территориях Крайнего севера и приравненных к ним территориях. Таким образом, от места регистрации ИП или юридического лица данные надбавки и прочие льготы для сотрудников не зависят, так как они определяются по фактической территории работы сотрудника