Доначислят ли налог, если пришел запрос?

Если вы своевременно отправите ответ (или явитесь лично) в ИФНС, где ответите на все вопросы и предоставите необходимые документы (договор аренды офиса; трудовой договор с местным сотрудником, договоры с местными контрагентами, а для селлера маркетплейсах - отчет о продажах на территории региона, платежные поручения, подтверждающие наличие оплат по указанным выше договорам), то доначислений не будет. 

Если вы проигнорируете требования со стороны ИФНС, следующим шагом может стать налоговая проверка с Актом о доначислении налога. Поэтому настоятельно не рекомендуется игнорировать корреспонденцию, поступающую из налогового органа, и отвечать строго в указанный срок.